明朝。嘉靖37年。
江南淳安县儒生叶江东被他的同窗、吏部侍郎公子赵西樵强邀至家中喝酒，席间，一红衣女子向他眉目传情。赵西樵要叶江东在女郎弹奏一曲之间为赋诗一首，否则罚酒三觥。叶江东诗成，人却还是被赵灌得大醉。夜半醒来，他惊讶地发现自己竟睡在红衣女郎的身边，而更也惊骇的是女郎已死！他恐惧万分，仓皇逃离鄢府，直奔入学宫，求救于他的老师、县学教谕海瑞。
海瑞一向器重叶江东，深信自己的学生不会沦为杀人犯。但县令戴飞龙一来迫于侍郎府的威势，二来也是对海瑞的耿介向来不满，不仅派差役围住学宫，强逼着海瑞交人，而且正式发出朱票，要求海瑞立即革除江东的秀才功名。海瑞认为这要求与情不顺，与理不合，拒不照办，亲自陪同叶江东到县衙投案，好心提醒戴县令，一定要仔细调查，禀公而断。戴飞龙见海瑞到了这种时候还如此强硬，十分之恼火。
戴飞龙之弟戴凤翔也是海瑞的学生，见自己的兄长与自己的恩师发生冲突，非常难过和担心。
第二集
县衙公堂。戴县令轻信赵西樵及其家人的一面之词，又因赵侍郎派人催促，急于结案，遂严刑拷打叶江东，下狱问成死罪。海瑞认为叶江东尚有功名在身，不当受此重刑，为学生击鼓鸣冤，当堂把戴县令问了个哑口无言。戴县令恼羞成怒，将海瑞轰下公堂，糊涂结案。
海瑞不屈不挠，暗地查明情况，趁巡按徐阶到访学宫，当面状告戴县令枉法循私，草菅人命，荼毒斯文，目无法度。徐阶开始并不在意，当了解到赵西樵之父仍是首辅严嵩的党羽赵文华，他忽然对此案发生强烈的关注。根据海瑞提供的线索，他巧妙引导，终于揭出了赵西樵逼奸其父所买小妾不成，勒掐致死又定计嫁祸于人的真相，使叶生冤案得雪。
在海瑞的坚持之下，徐阶将戴县令当场革职查办，但出于他自己的理由，终不肯将赵西樵就地正法，而是决定将其缚送进京，将案子移交给其父和严嵩处置。这引起海瑞对徐阶的不满，在送别酒宴上，他借献诗当众讥刺徐阶。
第三集
除阶回朝，门生张居正向他通报，严嵩已向皇上举荐赵文华出任通政司。徐阶与张居正订计，以赵西樵一案作为筹码，同严嵩讨价还价。最后双方议定：徐阶不以此案影响赵文华的升迁，而严嵩则同意由张居正接任吏部之缺。严嵩夸赞徐阶处事老到。徐阶不仅欣然答应自己的长孙女许配严嵩的孙子，还拿出海瑞的诗，证明自己为顾全严嵩的面子遭人怨恨，严嵩对徐阶更加感激。张居正趁机提出，海瑞是个人才，可加以笼络，将其提升为淳安知县以取代被免职的戴飞龙。严嵩只好勉强答应。
史部批文下达，戴飞龙羞愤交加，一病而亡。戴凤翔极其悲痛，要回原籍。海瑞要他留在自己身边做事，劝他以其兄为戒，今后做一个忠孝两全的好官。但戴凤翔终于还是走了。
海瑞上任，恰值其母寿日，乡绅富户为讨好新县令，商议为其母祝寿，被海瑞严词拒绝。他当众宣布了自己拟订的《兴革条例》，表示要革除迎来送往的弊端，减轻百姓负担。众人口里称赞，心中不信。正在这时，驿站来人报告：新任驿丞叶江东因执行海瑞的条例，被人吊起毒打！
第四集
海瑞带人赶到驿站，放下叶江东。江东报告说：打人者自称是胡总督的公子，他不仅不按规定拿出火票以换取供应，反而逞凶打人，现扬长而去。这时差役报告，有一位胡公子正在大闹歌楼。
海瑞到场制止，这位公子爷根本没把七品县令放在眼里，当面出言不逊，态度极傲慢无礼。海瑞大怒，认定是流氓冒名，将其锁拿下狱。没想到，了解的结果，这位还真是胡总督的独生宝贝儿子！
海瑞最后决定，学习徐阶的办法，将胡子痛打一顿之后，仍以“假公子”之名缚送总督胡宗宪处理，并将其财物没收入库。胡宗宪心中恨恨，但什么也说不也来。
海瑞的好友、御史吴时来路过淳安，海瑞用自己督差役们种的菜蔬相待。谈起赵西樵和胡公子这些人的恶行，海瑞深为这些子弟们的道德败坏而忧虑。吴时来认为这是严嵩把持朝政的结果。这使海瑞初次了解到朝政腐败，大为感慨。
吴时来京，决心写奏本弹劾严嵩。他把写好的奏章拿给自己的好友张居正看，请他转告徐阶，一同把严嵩搬倒。张居正不仅不答应，反而劝他打消念头，免致杀身之祸，因为皇上正要修道，绝离不开写得一手好青词的严阁老。吴时来很失望，独自冒死上奏。
第五集
嘉靖皇帝见到吴时来的本章，将信将疑，他召见徐阶和严嵩，将本章掷给他们看。徐阶只表示惊讶，不置可否。严嵩假意辞职，但哭着要求为皇上写完最后一道青词再走。皇帝因此而大怒，将吴时来逮下诏狱。回到后宫，皇帝再拿出奏表来看，越看越觉得有理，不禁为之叹息。
贵妃正是严嵩的侄女，她很快将这一情况通报出宫。严蒿大惊，与同党赵文华、鄢懋卿等密商，假诏处死吴时来，并查寻同党，斩草除根。因吴御史事先已将来往书信全部烧毁，故海瑞侥幸得免。
消息传到江南，海瑞很为吴时来痛惜。但另一条消息更引起他的注意：因江南倭寇作乱，皇帝批准严嵩的保奏，令赵文华提督江南，并以鄢懋为钦差，巡察各地盐政，筹措军费。叶江东等僚属都认为：这将对海大人不利！海瑞却认为只要自己行得正，不怕别人抓把柄，其奈我何？
第六集
叶江东向海瑞请准探亲假，实际是便装打扮，先行去打听消息。他了解到，鄢懋卿携其妻出京，威风一路，沿途官员纷纷高接远迎，送上财货，也亲眼看见鄢懋等一行作威作福的排场。他还看到，山东历城县县令、有名的清官薛礼勤自持帐目清楚，不肯逢迎招待，竟被鄢懋卿捏造罪名，请出有权先斩后奏的上方宝剑，当场斩首。更使他吃惊的，是在鄢懋卿的随从人员中，他发现了赵西樵！
叶江东急急赶回淳安，把情况报告给海瑞，请他早作准备，却见鄢钦差的旗牌官已先一步到了淳安县衙，正在为没有人迎接他在那儿大发脾气！
第七集
赵文华、胡宗宪这些人确实有预谋，要借鄢懋卿此行除去海瑞，起码也要好好整一整他！海瑞知道了全部情况，反而更加坦然镇定。他以“咆哮公堂”的罪名，先打了旗牌官一顿板子，然后把自己和他对锁起来，去见钦差大人。
海瑞的这一反常举动使得鄢懋卿等人反而不知如何处理。海瑞当众陈述自己的理由，在众官面前，鄢懋卿只好不追究他打旗牌的事，但决定下一步就巡察淳安县。
海瑞隆重而简单地招待了鄢钦差一行。当钦差和钦差夫人对招待表示不满时，海瑞搬出了太祖皇帝钦定的官员接待标准，弄得鄢懋等人敢怒而不敢言。鄢懋卿假意询问海瑞：自己还有什么行为不符合太祖的遗训？海瑞毫不客气，将他一路的行为逐一批驳，还拿出算盘，算出行贿受贿的帐目，算得鄢懋卿一头冷汗。
鄢懋卿再也不想在淳安待下去了，他决定一早就走。赵西樵怂恿夫人，改旱路走为水路走，要求海瑞支派民夫为他们的官船拉纤。海瑞刚说了一句眼下正值农，鄢懋卿就大发雷霆。海瑞思索之下，一口答应下来。
第八集
次日，拉纤的民夫按时到齐，官船缓缓开动。鄢懋卿正在得意，赵西樵跑来告诉他：拉纤的原来是县衙的差役们，而领头的竟是海瑞！这使得鄢钦差大为紧张。在海瑞说出一番不能伤农的大道理和亲眼看见老百姓对海瑞的拥戴之后，他再也不敢让堂堂县令为自己拉纤，狼狈地转道旱路而去。
鄢懋卿回京，首先拜访严嵩，送上大批珍贵的礼物。严嵩因为这些天皇上对自己冷淡，正在忧虑，见鄢懋卿弄到大批银子，忙上奏皇上，讨其欢心。皇帝破例接见鄢懋卿，大加慰勉。鄢懋卿在应对中，趁机说了些海瑞的坏话。皇帝不置可否。严嵩告诉鄢懋卿，一个小县官的事，不要在皇帝面前噜嗦，叫吏部将他罢了就是。
皇帝召见徐阶和张居正，核实鄢懋卿所谈的情况。徐阶揣摩到皇帝已不喜欢严嵩，趁机讲了些严嵩卖官受贿、堵塞言路的实情，皇帝已动心只是下不了决心把严嵩拿掉。徐阶建议皇帝：不必问人，可以问天。皇帝会意。徐阶让张居正马上与黄太监定计，买通道士，借扶乩整倒严嵩。皇帝果然相信乩词，决心将严嵩拿下来。
严嵩一面急向徐阶求救，一面用更多的钱买通太监和道士为自己说话，但嘉靖皇帝决心已下，严嵩终于被迫告老，他的儿子和他的党羽，包括赵文华、鄢懋卿和胡宗宪在内，都抓的抓，罢的罢，如冰山解体，顷刻瓦解。
海瑞接到贬官的命令，刚把老母和妻子送走，第二道任命接着传来，调他进京任职，对严嵩等人的处理也传到淳安，使海瑞重新燃起治国救民的希望之火。
第九集
海瑞携全家来到京城，按规定，要先去向首相徐阶报到，却因为没有送上“门包”，管家徐华拒不给他传话，时间一天天拖下来，海瑞不能就任，一家人十分狼狈。最后，他用母亲、妻子的首饰作为礼物给了徐府管家，才算见到了徐阶。徐阶勉励海瑞好好做官，好好处事。海瑞趁机把徐华索要“门包”的事报告了徐阶。徐阶叫来徐华，当面大骂一顿，叫他把首饰立即退还海瑞。徐华因此恨透海瑞。
海瑞任职户部云南司主事，接触到了政权中心。他发现，严嵩虽然倒了，朝政却照样没有起色。尤其是皇帝一心修道，祈求长生，大兴土木，弄得国库空虚，连筹来准备解往边境的军饷都被一次次挪用。海瑞为此同他的主官争论起来。他向徐阶反映，徐阶对他表示同情，却劝他还是尊从皇帝的意思办。已改任太子佐官的张居正则把解决问题的希望寄托于今后。只有退休的大学士杨最赞同他的意见，但杨最就因为谏阻大兴土木，偌大年岁几乎被活活打死。
海瑞激怒了！他看出，所有问题的症结是在皇帝一人身上，要解决，只有改变皇帝的想法和做法。满朝已有二十年无人敢于直言了，连杨最这样的老臣都遭到延杖，自己一个小小七品主事，这样做会引起什么后果？意见又如何上达天听？他不能不认真考虑。
第十集
这时，曾是海瑞学生的戴凤翔中了进士，并任职通政司，有权将下级官吏奏章挑选上送。海瑞去找他，请他帮忙，甚至不惜跪下相求，戴凤翔终于答应。
海瑞求见徐阶。徐阶正忙着为皇帝起草求仙的青词，没时间见他。海瑞只好把自己奏章的副本交徐华代转。徐华故意将它压下来，没有及时转交。
海瑞把自己的决定告诉了妻子。妻子坚决反对他这样做。海瑞给妻子写下休书，又编了个理由，让人送母亲回乡。
自己买下棺木，下决心拼死上奏。但到了上奏之前，他发现，母亲和妻子都没有离他而去。他为之感动，也为之气扬。
海瑞的“天下第一言事”奏章终于送到了皇帝手中。嘉靖皇帝被奏章中的大胆直言所激怒，连呼让左右去抓此人，不要让其逃掉。当了解到了海瑞市棺上奏的决心，皇帝反而不知该怎么处理才好。
第十一集
三天了，嘉靖皇帝还下不了决心如何处置海瑞。他召见徐阶，徐阶替海瑞说了好话。皇帝表示想让位给太子，自己专心求长生，徐阶表示反对。这事引起太子主要佐官高拱的不满，连张居正也摸不透徐阶的用意。他去请教徐阶，徐阶笑而不言，他胸中有数，知道皇帝服药太多，已不久于人世。这时，传来圣旨：海瑞下诏狱论罪。
已任职县令的叶江东来京述职，找到戴凤翔，让他陪自己去看望老师。海瑞在狱中，对自己的两个学生仍侃侃大谈忠孝之道。戴凤翔突然跪下，哭着说自己害了老师。海瑞却说是他帮自己达到了人格完成。叶江东被海瑞深深感动，听说刑部已上报皇帝，将海瑞论绞刑，他悲愤不已，对朝政彻底失望，竟挂冠而去。
嘉靖皇帝对刑部的奏议压下迟迟未批。海瑞的母亲和妻子到处托人，但没有人敢出头说话。海瑞的母亲爱子心切，急得责怪媳妇。海瑞的妻子有苦难言。
第十二集
嘉靖皇帝更沉溺于学道，日夜服药无度，终因服药过多，一命归西。徐阶胸有成竹，从容安排后事，急召张居正，代嘉靖皇帝起草遗诏。戴凤翔因此而知道了消息。
海瑞在狱中，抱定杀身成仁的决心，当戴凤翔提着酒肉来到狱中看望的时候，他以为自己死期已到，坦然饮酒吃肉。当听戴凤翔说，皇帝已归天，他出狱有期时，海瑞突然大为悲恸，跪地痛哭，把吃的东西都呕了出来。
徐阶和张居正扶太子登基，将嘉靖遗诏公诸天下，代皇帝检讨了生前的一系列错误，并根据这一遗诏，作出拨乱反正的一系列决定，其中之一便是释放海瑞。
隆庆即位，徐阶继任首辅，高拱也入阁。朝廷有了一种新的气息。但高拱因为徐阶只找张居正草诏而不找他，心中怨恨，暗地唆使御史齐康用徐阶在遗诏中揭出的嘉靖皇帝的错误_迷信长生，大兴土木_反过来追究当时首辅徐阶的责任，并涉及到徐阶子弟的不法行为。徐阶在猛烈攻击之下，要求告老。皇帝交百官议论。大臣们不知圣意，都含糊其词。只有刚重新入朝的海瑞，替徐阶说了公道话，激烈抨击齐康与高拱结党营私，扰乱朝政。因而与高拱也结下了仇。
皇帝批准徐阶退休，让张居正入阁。徐阶回乡之日，张居正和海瑞前来送行。谈起当日海瑞的献诗，徐阶大有感慨。海瑞听张居正纵谈天下利弊及改革方法，与自己看法完全一致，引为知音。
张居正也佩服海瑞的耿介，认为治乱世当用烈药。他连连保举海瑞，海瑞在一年中升了三级，但由于高拱作怪，给的都是无关紧要的闲职！海瑞不得已，以辞职相要挟。
第十三集
皇帝召高拱和张居正讨论海瑞的辞呈。张居正力主挽留。正值江南水患，隆庆皇帝便任命海瑞为钦差，巡抚应天八府。
高拱让人转交给海瑞一份从江南传到京城的关于徐阶子弟为非作歹的揭帖，暗示这才是海瑞该做的事。张居正则在勉励海瑞在江南大胆实施“一条鞭法”的同时，托他给徐阶带去京城的咸菜疙瘩“春不老”，用意不言自明。已升为御史的戴凤翔由此提醒海瑞：江南的事大不好办，宁可不办，不可乱办。
听说海瑞要来，江南一些不法乡绅和贪官污吏大为恐慌。他们忙于上下打点，销毁证据。有的为了不引起海瑞注意，甚至将朱红色的大门改涂成黑色，或是举家外逃。只有告老的徐阶，认为自己于海瑞有恩，对他的到来泰然自若。
海瑞轻车简从上任，一路查访民情。他了解到，百姓不仅苦于水患，也苦于乡绅盘剥。一些大户富户，勾结官府，用高利贷和强夺的手段，兼并田地，使农民沦为佃户。他们势压一方，无恶不作，其中就有徐阶的儿子徐瑛和管家徐华。百姓还把他们的恶行编成歌谣传唱。
海瑞路过华亭，上门拜访徐阶。徐阶对他说江南民风刁顽，劝他要小心行事，要站在乡绅一边。
海瑞到任，从官吏们那里听到的情况和从民间听来的相反，似乎一切都太平无事。他挂牌放告数日，门庭冷落，连一个告状的也没有。他制定的治河方案虽得到朝廷批准，款子也拨下来，似乎一切进展顺利，但他想不到，这些工程款子又都悄悄转到了徐大管家的手里。
第十四集
治河工程终因偷工减料而造成缺口。海瑞为之震怒，亲自讯问，侦得徐府与县官勾结、包工盘剥的实情。这时，被徐瑛强抢霸占的民女彩云也从府中偷跑出来，向海瑞哭诉了父亲被徐瑛活活打死的冤情。海瑞查对府县的门薄，发现所有告发徐府的记录都被人抽掉了。而这时，有关他与徐阶的关系的传言正在百姓中不径而走，甚至说他从京城给徐阁老带来贵重的礼物。
海瑞愤怒了。他决心拿徐家开刀，借朝廷三尺法杀一儆百，推行新法。他用“敲山震虎”之计，先免了贪脏的县令，抓了徐府的管家徐华，逼徐瑛离府外逃，又放出徐瑛已被拿获的消息，扣留了前来说情营救的徐阶的二弟。此举震动了江南。
海瑞的母亲因媳妇生的是女孩，很不高兴，逼着海瑞立即纳妾，海瑞只好顺从。
徐阶借贺喜为名，亲自上门说情。海瑞表示：只要徐府带头退田，人可以放回，但徐瑛一定要投案接受审判。
第十五集
徐阶不得已，只好答应退田。海瑞遵守约定，放回徐府二老爷和管家徐华。谁知徐家玩的是假退田，他们让让佃户逐个在退田清册上打了手印，但佃户如果要田契，还得交一笔“退田金”，比当初徐府强买田地时给的钱还要高一两倍！佃户们哪里拿得出这么多的钱？于是佃户们和徐管家发生争吵，最后，愤怒的农民们打伤了徐华，并围住徐府，痛骂官家和乡绅合伙欺骗他们。
事情闹大了。徐阶一面叫家丁把好大门，谁也不许出去，一面授意知县和知府，不要干预此事，让事情闹得越大越好。他倒要看海瑞如何应付。
事情发展到这一步，海瑞也有些吃惊。他亲自带兵解了徐府的围，抓了闹事百姓的头儿，又进府看望徐阶，给他压惊。徐阶不客气地教训了他一顿。海瑞受了一肚子气。回去提审闹事的农民，才尽知详情。原来所谓“民风刁顽”的根子在于有这些刁顽的乡绅！
这时，派去守护徐府的差役报告：徐瑛回府了！这小子可能认为风头已经过去，海瑞已经服软，竟不顾官府的通缉令，就这么大摇大摆地回来了。
海瑞干脆将计就计，让人给徐瑛带话，说要判处闹事的佃农，同时把徐瑛的案子来个了结，请徐家派人监审。徐瑛听到这一消息，未通报徐阶，就自作主张，和徐华一起，坐着轿子到了巡按衙门。海瑞升堂，将闹事农民稍加责罚就予以释放，却把徐瑛和徐华押入大狱。
跟着赶到衙门的徐阶想要制止，但还是晚了一步。
第十六集
徐阶求海瑞放了他的小儿子，海瑞表示要依法行事。徐阶表示愿带头退田换儿子的命，海瑞说，田要退、法也要执行。徐阶有意提起当年他对海瑞的栽培和救命之恩，海瑞仍不松口。徐阶气得当场昏了过去。
海瑞的举动引起围观百姓的欢呼，都称海瑞是“活包公”“海青天”。这时，疏浚后的吴淞江开始通水，百姓今后不用再担心水旱灾害了。
这些消息全传到京城，而徐阶的二弟押着三万两银子也同时来到。他是来活动最高层人物的，目的就是把海瑞搬倒。
张居正和高拱派戴凤翔赶到了江南。戴凤翔看到的情况是：百姓告乡绅的状纸堆积如山，真的假的都有，根本处理不过来。过往官吏抱怨到江南处处不方便了。乡绅们也都切齿痛骂海瑞。百姓则把海瑞当神来供，给他烧香，说他是“海龙王”，“龙王一到，雨顺风调”。海瑞对出现的这些情况既兴奋又头疼，但坚信这一切很决可以理顺。他的计划是彻底把“一条鞭法”在江南推行开，不出三年，民可以无冻饿之忧，而朝廷之税收自然也可充盈。他对前途仍充满着信心。他托戴御史回京，如实上奏。并请求在处理徐瑛的问题上，内阁重臣们能给予他支持。
戴凤翔回京，发现朝廷大老们全都站在了反对海瑞一边，连皇帝耳边听到的也全都是海瑞的坏话。在这种压力和高拱的暗示下，戴凤翔写出了完全否定海瑞的报告，带头弹劾海瑞“庇护刁民，鱼肉乡绅，沽名乱政”。他知道这样做对不起海瑞，可除了这样做，他又有什么选择呢？
第十七集
海瑞等待朝廷的批复，久等不来，传来的都是坏消息。他心情十分烦燥。这时，家庭又发生变故。由于不堪婆母的冷淡，海瑞的夫人服毒自杀，而海瑞的妾因为受到海瑞的责备，也在当晚自缢而亡。
这件事又成了众人攻击海瑞的借口。他被说成是一个怪异的变态者，不合常情的疯子，不然，何以妻妾同时死在同一天？
皇帝原还想对海瑞换个位置让他发挥作用。这一来，只好同意高拱这些人的建议，把他降级，调一个最闲的差事让他干，高拱却连这样的闲差也不肯给他，让吏部搞了个“并职”的把戏，存心羞辱海瑞。海瑞在这种情况下，只有要求退休。他以为无论如何也会有人替他讲句公道活，谁知道，本章一上，马上批准。
海瑞同押旨前来的戴凤翔办理交接。他表示并不太在意个人去留，关心的是，能不能把他开始做，而且认为该做的事做完。但他看到，随着他交权，徐瑛马上被无罪释放，已退给农民的田被重新收回，乡绅们弹冠相庆，受冤者无助痛哭……他完全失望了！在留给张居正的信中，他为自己所做的事辩护，痛责“满朝诸公，尽妇人也！”但这又有什么用？
在百姓的哭声中，海瑞黯然掉头，踏上遥遥归路。
海瑞的信在朝廷引起大哗。连张居正也认为他太过分了。但他利用海瑞的信，在皇帝面前巧妙地参了高拱一本，使高拱丢失了相位。
数年后，皇帝以英年突然驾崩，张居正成为小皇帝完全信赖和依靠的首辅重臣，现在，他可以放手从事他的新政了。主掌吏部的戴凤翔因事去广东视察，张居正突然向他问起海瑞。戴凤翔猜度首辅的意图，决定转道海南，去看一看这个闲居的老臣。
海瑞在自己的草舍里接待了远道来的客人。母亲去世后，他一个人孤独而清贫地生活着，但草屋的墙上，悬挂的仍是他手书的“忠孝”两个大字，他对朝政仍十分关心，抛去他同旧日学生的恩恩怨怨，他问皇帝的起居，问首辅的健康，问新法的实行情况，最后，他把刚编定印出的自己的文集送给戴凤翔，还请他给首辅张先生捎去一本，同时附去一封辞意恳切的信，期望还能有为朝廷效命的一天。
第十八集
海瑞等来的，不是朝廷的任命书，而是张居正用那龙飞凤舞的草字给他的一封客客气气的回信。张居正表示，新政正在推行之中，他很忙，但还是浏览了海瑞的文集，他很佩服海瑞的至忠至孝，一直惭愧自己没有魄力起用象海瑞这样的能臣.但他会把海瑞等人的理想逐步加以实现的。实际上，他等于是拒绝了海瑞。极度失望的海瑞面对茫茫大海，遥望京城，不知当笑还是当哭。
十五年后，随着权倾一时的张居正病故，一个消息使朝野震动了：万历皇帝重新起用已经七十二岁的海瑞，而且他已经到了南京，将出任都御史的职务。
海瑞真的又回来了！他旧日的学生和属僚、归隐多年的叶江东特地赶来看望老师。海瑞愤愤地向他谈起官场风气的腐败和官员们的腐化，叶江东惊谔的是：这些使海瑞感到不可容忍的事，在今日官场其实早已司空见惯。叶江东陪海瑞便服出游，他们听到百姓在纷纷传说海瑞的重新出山，把一切希望全寄托在海瑞身上。在陪海瑞赴某御史的家宴时，人家为欢迎他，特地召来戏班助兴，海瑞却大发脾气，说人家违背了太祖皇帝的遗训，应该打板子。闹得大家都不高兴，叶江东只好将海瑞连拉带劝地弄走。
海瑞不听叶江东的劝告，给皇帝上了一道言词激烈的奏章，要求以严厉的手段惩治腐败，凡贪污八十贯以上者，都应该处以剥皮塞草的极刑！同时，他开始着手进行调查，受理百姓的上告。这使得满朝官员大为恐慌。如果按海瑞的办法，朝堂上还有可以立足的人吗？
皇帝制止了百官对海瑞的交相攻击，充分肯定海瑞节操可嘉，驳回了御史们要求海瑞离职的请求，但同时给了海瑞“迂戆”的评价，同意他“当局任事，恐非所长”，实际上否决了海瑞的意见。
海瑞完全失望了。他一再请求辞职，皇帝都不批准，因为他不想担一个昏君的恶名。海瑞被冷冻起来，完全不起任何作用什么事也不让他管，什么人也不同他来往，就在这种处境下，这个孤独的老人悄悄死于南京任上。
戴凤翔奉命办理海瑞的事，他来到海瑞的官署，见到了叶江东，也看到自已的老师、这位朝廷正二品大员的清贫：破藤箱里只有十两银子，连办后事都不够！他为之下泪，发起为海公募捐。连许多在海瑞生前攻击过他的人也返过来赞扬他的品格，皇帝也为他加封太子太保——因为反正现在他对任何人都不构成威胁了。
海瑞的灵枢按他的遗嘱，用船运回海南。扶枢的叶江东在舱中听到隆隆的响声，象打雷一样，他走出舱，发现两岸象突然下了一场大雪，一片白，原来是百姓们自发披麻戴孝，祭送海公，那雷声就是哭声。他含着泪，喃喃地呼唤着：老师，您看见了吗？您听见了吗？
以海瑞为衬景，出字幕：
“海瑞死后二百七十八年，因《海瑞罢官》一剧，幕被平，骨殖被毁。又十年，墓重修，永久供人凭吊。”
(全剧终)
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