第十三集
虽然公主急中生智慌称自己是问路的，但还是引起毛津的怀疑，并尾随公主来到真阁寺。第2天，毛津安排恩真等到真阁寺打听公主的情况，并对璋产生了怀疑。心里对公主突然到来产生疑问的璋无法安心工作，决定去真阁寺找她，范虎及时出现在寺院门口阻止了璋，原来是毛津安排跟踪他。正在此时，沙宅终于找到了百济神技，并下令手下准备杀掉太学舍的所有人。可是当他仔细翻阅的时候却发现是假的，原来这是木罗须设的陷阱，及时阻止去通风报信的手下后，沙宅将书放在璋的住处，企图嫁祸。璋毫不知情拿起书，木等人突然杀到。原来以为已经脱身的沙宅，却因为手上沾上木特意涂在书上的特殊药水，和璋一起被列入嫌疑对象。太学舍的人也因此分为支持璋和沙宅的两派。不放心璋的公主换上平民的衣服来到璋的住所，却发现已经被搜查过，在太学舍偷听到对话的公主得知璋陷入危险，决定营救，却不想来到关押沙宅的屋子，他告诉惊讶不已的公主自己就是金道含，陛下派来的密职。并请公主在新罗和百济之间做出选择，如果选择自己国家，就必须帮助嫁祸给璋，将自己密告给新罗的资料使人认为是璋向公主透漏的。两难的公主不知如何是好，一边是自己的国家，一边是新爱的璋。就当璋承认自己认识真阁寺女人的同时，恩真发现公主故意留下的嫁祸璋的证据，使得璋再次被认为是间谍。大家抽签由谁去杀璋，却因为范虎父子的阻挠无法确定。挺身而出的沙宅却发现璋已经不在。而木却目送公主将璋救走。
第十四集
原来昨天晚上来到太学舍营救璋的公主被木罗须发现，而公主承认所有事情都是她安排的，目的就是为了让璋离开这里。请求木成全相爱却无法在一起的两人，回想起自己的燕嘉谋的种种，木答应了公主的请求。得知公主和璋私奔的沙宅怒不可遏，下令全力追捕他们。逃跑途中的公主向璋坦白是自己做的一切，也决定抛弃公主身份和璋在一起。好不容易躲避众多追兵的两人，决定开始过平民的日子。但璋心里却不希望公主和他受苦，想尽各种办法，对公主冷言冷语，为了使得公主明白生活的艰辛，以为这样就能改变公主的想法。公主虽然难过，却坚强的把一切都挺了下来，快乐的过着以前根本无法想象的坚强生活。另一方面，为了加强自己在朝中的势力，并和高句丽结盟对抗新罗，阿宅太子将制造明光铠的任务交给了木罗须。璋终于被公主感动，决定和公主一起生活。可不想回到王宫的侍女经不住沙宅等的威胁，说出了公主和璋的下落。公主和璋终于有了属于自己的房子，两人在月下私定终身，交换了戒指，而璋也将自己最宝贵的夜明珠交给了公主，从此以后，把自己交给公主。来到房间等待璋到来的公主，未曾想到等来的是沙宅派来的追兵，不由分手将公主抓走。璋为了营救公主和军士进行了搏斗，好不容易击退他们拉住公主的手准备逃走。
第十五集
被追兵逼至悬崖的两人已经无路可逃。眼见两人无法全身而退，为了保护薯童，公主拿出匕首以死相威胁，众人无法只能给璋一匹马，看其离开。临走的时候恳求璋一定要好好活下去，这样才能再次相见，并把夜明珠还给了他。一看到公主的刀被夺下，士兵立刻快马追赶离去不久的璋，此时的公主已经无能为力。眼看快要追到璋的时候，却发现已经进入百济的领地，无奈只能撤退，而璋却被被守城的军士抓了起来，因为身上有新罗的身份牌，被当作间谍受尽酷刑，并被关进了死囚的牢房，任凭他在牢房里死命喊叫也没有人理他。而此时的新罗正和百济激战正酣，但夫余宣率领的军队却节节败退，整个城都被新罗包围，士兵和物资也所剩无几，而通知援兵的烽火台也被新罗控制，派去的突击兵中了新罗的埋伏，全军覆没。已经无人可用的夫余宣等想到了牢里的死刑犯。在威逼利诱下，众人同意当敢死队去点燃烽火。回到王宫的公主整日不出门，心如死灰。而真平王此时却已经将公主和金道含的结婚提上了日程，一旦沙宅完成任务回到新罗，二人就要完婚。这让公主着急不已。璋等人历经九死一生，凭着要活下去的约定，奋勇杀敌，终于点燃了烽火，远方的百济兵得到消息后及时赶来支援，新罗兵无奈只得撤退，而当夫余宣等赶到烽火台找到敢死队时，只剩下璋等三个人还活着。
第十六集
虽然好不容易活了下来，可璋想到自己连公主都守护不了，失去了再见公主的勇气。夫余宣出耳反耳，要璋等再次充当先锋队去攻打新罗本部。璋等拒绝了要求，并被再次投进了牢房，此时的璋觉得自己是如此的无力，不能守护娘也不能守护公主。公主向求见的金道含提出赶快研制出明光铠的要求，而金也再一次向公主表明了自己的心意和决心。回到太学士的沙宅，在璋留下的金属盒子的启发下，发现了黄树漆，从而制成了明光铠。璋还是拒绝夫余宣的要求，夫余宣要杀他的时候，阿宅太子赶到认出并救下了璋。而夫余宣也知道璋就是那个做火炕的人。璋不愿意告诉太子自己为何来到这里，太子也尊重他没有追问，只是希望他能够留下来帮助自己。夫余宣越来越觉得留下璋对自己而言是个威胁。太子对士兵的体恤受到了大家的尊重，此时木罗须也派人送来了研制成功的明光铠，太子从他们口中得知璋和新罗女人逃走的事实，但璋真心的一番话还是让太子原谅了他。璋说服另外两个伙伴一起留下来为百济服务，并安排他们到士兵中间鼓舞士气。新罗利用沙宅提供的明光铠在百济之前向与高句丽达成了协议。因为无法知道新罗兵的具体情况，璋自动请缨探听敌情，潜入新罗军营，利用自己的聪明机智，璋知道了新罗的军资情况，并针对己方武器不足的情况，利用雾和稻草从新罗那儿获得了箭。士气大振的百济大军获得了完全胜利，在太子的带领下班师回朝面见陛下，璋趁机提出了召回木罗须博士作为奖赏的请求。
第十七集
璋的要求一提出，就遭到了夫余宣一伙以叛乱为由强烈反对，但得到了太子的大力支持，无奈的陛下只能说让他想想。太子决定让璋先带一部分人去请木罗须回宫，得知风声的夫余宣立刻派人阻止，使得璋等无功而返。另一方面，太学士正在积极准备沙宅的博士授予仪式，对木罗须还怀有师徒情谊的沙宅不忍心在任务完成后将其赶尽杀绝，试探性的询问了木是否有可能改投他处的意愿，在得到木罗须永远效忠百济的回答以后，矛盾不已。夫余宣命令众贵族联合抵制太子，妄图进一步削弱太子的势力，正在这时，新罗使臣来访，原来当初夫余宣夺回的盛王首级是假的，真正的一直在百济，新罗以次为挟要求重新夺回这次战争被百济抢回的土地，但夫余却始终坚持这是新罗的计谋，不同意归还土地，除非有人能鉴别出首级的真假。太子为此头痛不已，璋经过仔细观察，终于发现了利用豁牙对照病状日志来辨别真假。新罗派出善花公主同阿宅太子进行交涉，而璋则负责描绘头颅的形状，和公主仅仅相隔一层纱却无缘相见。通过和日志的对照，确定此时新罗手中是为盛王首级。百济只得答应新罗的要求，再次见面的善花无意中发现太子的夜明珠和璋的一样。夫余宣为了阻止太子将事情真相召告百姓，只能同意请回木罗须等人。博士授予仪式上，新罗人杀到，此时璋率领众人也及时赶到，救下了太学舍的人，而混乱之中，沙宅中箭倒下。已经救出众人的璋再次返回救他，而为弄清璋身世而赶来救木的公主正好看到了璋。
第十八集
因为善花公主的阻挡，新罗兵无法继续追赶璋。使他们最终登上了驶往百济的船，望望渐渐远行的船，公主泪流满面，但璋对这一切却毫不知情。木罗须等终于回到了阔别十年的百济，太学舍的人虽然表面上还算尊重他们，但事实已经都为夫余宣控制，夫余宣的妹妹优永公主是太学舍的总管。众人回到以往熟悉的环境，都感慨不已，怀念起自己小时候在太学舍的种种。在欢迎仪式上，大家都开心不已，只有璋发现不见脉度水的身影，原来他独自躲在房间流泪怀念死去的儿子范生，一直对范生的死心存愧疚的璋向他保证会成为和范生一样优秀的人，站在门外的木罗须目睹了一切。得知公主放走百济人的陛下，将公主的侍女和西忠抓起来严刑拷问，不忍心看到他们受刑的公主坦白了是她阻止继续追赶木罗须，原因是他爱上了百济男子，得知真相的新罗王怒不可遏拿剑要杀她，幸亏王后阻止，但善花因此被关了起来。沙宅终于醒了过来，回想起发生的一切，使他十分郁闷。百济太学舍的人处处为难轻视大家，使得大家很是气愤，却又无能为力。而木罗须也被优永公主免去了总管的职务。大家都无法理解默默接受这一切的木。得知太学舍众多不平待遇和黑幕的璋想说服木罗须争取他应该有的权利。太子决定破格升璋做外舍部奈率，众人反应不一，更多的是在背后指指点点表示不满，此时的璋终于明白木罗须为什么不肯接受太子要给他安排的总管一职了。
第十九集
璋决定接受太子的任命，但在实际工作时困难重重。优永公主要求璋人全部参加资格考试，但璋要求有十年经验的技术工也要参加考试。大家都为了考试努力着，虽然考试让很多人露出了马脚，但因为没人敢站出来作证，璋还是无法揭露太学舍的黑暗。但璋并不灰心，还是继续努力着。伤好的沙宅和新罗的亲信取得了联系，也知道当初公主出现阻挠的经过。公主还是被关着，而她和百济人私奔的事情终于被泄露了出来，连金思钦也陷入了被动。真平王苦恼不已，现在的事情已经不是他能控制得了的。璋终于抓住正在交易的技术工，把自己设计的机器卖给其他人，就在那些人要报复璋的时候，毛津恩真等人挺身而出，保护了璋。在太学士做了30年却不被认可的老奶奶，愿意帮助璋研究制作纸张，而璋也答应会为她在百济神技上写上名字。先前的那位终于被感化，愿意帮璋的忙。大家都为制作出上乘的纸张而努力着。却被优永发现了在秘密研制开放纸张的璋等人。
第二十集
正当她要发难的时候，太子和木罗须及时赶到，发现纸张的质量比隋朝的还要好。璋将这次的功劳全部记在了老妈妈和技工身上，而他们的名字也因此写在了百济神技。通过这件事情，太学舍的人开始信任璋了。技工向太子揭发了太学舍的种种黑幕，太子要求彻底查清楚盗取技术的真相，而优永也辞去了太学舍综观的职务，大家终于扬眉吐气了一回。因为故意隐瞒公主私奔的事情以及沙宅的迟迟未归，金思钦陷入了被怀疑和百济勾结的危机。以为儿子再也无法回到新罗，为了避免遭受灭门之灾，金思钦只能制造谣言说金道含已经死了，花郎中也到处流传是善花公主害死了金道含。威德王下令让王仇寻找燕嘉谋的孩子，同时夫余宣为了自己的目的，也在寻找这个孩子。花郎对于善花公主的利敌行为表示愤怒，决定要上书真平王。花郎总长拿着规劝善花公主自行了断的上书求见真平王，真平王为了挽救善花，只能谎称金道含是背叛新罗主动要求去百济的。利用回家探亲的机会，璋回到了阔别多年的小屋，回忆起和母亲一起的点点滴滴，也对自己的身世之谜困惑不已。璋得知夫余宣在寻找自己，在朋友的劝说下，决定去试探一下，以为能找到自己的父亲，却不料当夫余宣以为站在他面前的朋友就是薯童时，立即拔刀杀了他。
第二十一集
悲痛万分的薯童在埋葬朋友之后，带着忐忑的心情回到太学舍面对夫余宣。沙宅偷偷潜回新罗，却发现家人都已经被关入大牢，经过考虑决定秘密拜见真平王以解决问题。未料到得到金道含返回新罗消息的贵族们，威逼真平王把他解决掉。真平王迫于无奈，只得答应并决定让善花出家为尼，以保护她的安危。金思钦得知家人会被当做奴隶卖掉，急忙赶去营救，却没想到中了埋伏，反而使家人全部身亡。绝望的金思钦知道此时对他而言公主是唯一的救命稻草，连忙赶去寺院阻止公主出家，却发现公主已经逃走。料到公主一定会去百济找璋，金思钦急忙返回太学舍跟踪。在一次跟踪时无意中见到了正在到处寻找璋的公主，因为他的阻挠使得公主和璋擦肩而过，未能见面。面对着公主，沙宅说出了自己心里的哀怨，十五年来为了新罗牺牲自己的花郎，却落到这样的下场。公主深知是因为自己才会使金家遭此灭门之灾，心中有愧的她答应重新考虑三个人的问题。博士会议上，优永公主提名木罗须接手太学舍总管一职，正当大家一致同意通过的时候，沙宅却突然提出了反对，原因是他放走了和新罗女人私奔的璋儿，大家惊讶不已。
第二十二集
哈努杰的人纷纷对沙宅的行为表示了愤怒，而夫余宣一伙却喜于终于再次找到了木的把柄。因为纸张开放的成功，使得百济在于隋朝的谈判中处于有利的地位，也使得太子同夫余宣的竞争处于上风，这另夫一伙十分不安。因为看到璋在跟踪沙宅，使得公主无法去赴与沙宅的约定，觉得被欺骗的沙宅决定结束这一切。回到太学舍的两人发现优永决定彻查私奔一事，因为大家的口径一致，使得璋和木罗须暂时洗脱了嫌疑，但沙宅因为故意陷害被抓到了夫余宣处，但其实这都是夫余宣一伙的阴谋，两人因此达成了互相帮助的协议。发生了一系列的事情，使得公主意志消沉，幸亏忠心的西忠的一番话，让她决定重新振作，干出一番事业，担心沙宅安危的薯童去找他，却意外发现他已经投向了夫余宣一伙，震怒不已。因为优寿的告密，璋和木罗须再次被调查，因此被撤消职务，发配到条件极其艰苦的索燕岛，十分爱惜两人的太子虽然想以纸张为条件同夫余宣交换让木罗须和璋留在太学舍，但因为两人坚持不想因为这个使太子失去信任，只得作罢。优永趁机连夜将两人带走。
第23集
风浪太大无法开船，璋和木罗须暂时在途中歇脚。与此同时，善花化名为隋朝商人陈佳卿在同一个地方开始了她的事业，并因此而认识了已成为大商人的璋的战友大将。璋几次与善花擦肩而过，但与大将不期而遇。大将劝他们逃跑，别去索燕岛，但木罗须认为一旦逃跑，以后就没办法堂堂正正地回去。夫余宣为太子从纸张开发中获益且势力上升而苦恼，沙宅建议他利用木罗须和璋。木罗须接到让他们开发能织出锦的新纺织机的任务，以为是太子下的命令，因此和璋全力以赴。优永接受沙宅的建议，任命毛津做太学舍技师总管管理人事，想以此拉拢毛津等人，削弱木罗须的力量，虽然犹豫还是接受任命。恩贞知道后非常生气。沙宅的父亲死里逃生找到沙宅，大为吃惊的他发誓要重振家门。优寿看到了两人相见的一幕，产生疑问。善花利用自己的聪明才智和强大财力，与大将结成联盟，大将答应替善花隐瞒身份，而善花成为在背后支持大将的人。木罗须和璋儿终于开发出了新纺织机，夫余宣打算将他们送到索燕岛，准备以后随时利用。木和璋知道自己是在为夫余宣开发新纺织机后大为吃惊。夫余宣让璋考虑是否愿意为自己效力，否则就送到索燕岛，并让木为璋的未来考虑。太子知道太学舍开发出织锦技术后，才意识到这是夫利用木和璋儿的阴谋。织物一直是太子势力的一个重要筹码，夫借机表示要和隋朝使团商谈，打击太子势力。璋表示不会向夫低头，而是会让夫向他屈服。
第24集
太子终于查到木和璋儿在莎北城，但赶到时两人已被夫送往索燕岛。夫派士兵跟随木和璋一起进岛，以便璋儿改变主意后可以随时通报。由于百济开发出织锦技术，因此隋朝使臣在商谈时再次受挫。在招待隋朝使臣的晚宴上，原本身体就不适的隋朝大使王大人猝死，隋朝使臣事后做了手脚，借机诬蔑是百济下毒。在经商方面表现出非凡能力的善花，在大将的帮助下寻找金矿，她潜意识里认为这在将来会对璋儿有用。身患重病的木罗须在璋儿的悉心照料下终于到达索燕岛，但岛上无医无药，木的病得不到治疗。百济因为隋朝使臣事件陷入困境，直接受牵连的夫余宣令太学舍查出真相。木的病情不见好转，璋儿无意中听到夫的危机后，向夫提出回到莎北城，以作为帮助夫摆脱困境的条件。查不出真相的沙宅不得已想到了偷检王大人尸体的办法，结果令百济和夫陷入更大的危机中。百济上上下下大为紧张。夫无奈只好向璋儿低头，将璋儿和木送回莎北城。媳妇请大将帮忙打听五色夜明珠的事。璋儿知道自己回宫会危机重重，因此借机让木在莎北城治病，并拜托大将随时转移木，自己只身回宫。在大将家中养病的木无意中看到了善花，但大将的仆人告诉他是隋朝商人，木觉得疑惑。璋儿回宫后，以夫之前两次失信为由，表示要恢复自己太学舍的身份后才会说出解决的办法。
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